Hoạt động nghiên cứu khoa học được Trường Đại học Hàng hải Việt Nam xác định là một trong những nhiệm vụ chiến lược nhằm khẳng định uy tín và thương hiệu đối với môi trường kinh tế xã hội, đồng thời góp phần nâng cao vị thế trong xu hướng hội nhập và toàn cầu hoá.

Hiện nay, Trường đang chủ động tăng cường việc trao đổi học thuật, trao đổi chuyên gia và liên kết nghiên cứu với nhiều trường đại học và viện hàng hải trên thế giới, tập trung vào những lĩnh vực có tính cấp thiết đối với Việt Nam như công nghệ hàng hải, đóng tàu và công trình nổi, phát triển cảng biển, quản lý và khai thác đội tàu, v.v.

Các tạp chí khoa học công nghệ hàng hải, các tập san khoa học thường xuyên được phát hành nhằm quảng bá các công trình nghiên cứu của trường với các độc giả trong nước và quốc tế. Nhiều bài báo khoa học của các cán bộ nghiên cứu, giảng viên của trường đã được đăng trên các tạp chí khoa học quốc tế, được báo cáo tại các hội nghị, hội thảo quốc tế như ISME, IMLA, ACMSSR, DMHSA & AJSPC, v.v.

Năm 2005 , Trường đã vinh dự là đơn vị đầu tiên của hệ thống các trường đại học, cao đẳng trong cả nước được cấp Chứng nhận phù hợp tiêu chuẩn Quốc tế ISO 9001:2000 và đã được cải tiến để phù hợp với tiêu chuẩn ISO 9001:2008 từ tháng 1 năm 2009.

Không chỉ dừng lại ở cấp độ nghiên cứu, những sản phẩm từ kết quả nghiên cứu khoa học của Trường đã được nhiều cơ quan đăng kiểm có uy tín trên thế giới như Class NK (Nhật Bản), Bureau Veritas (Pháp) kiểm định và chứng nhận có thể ứng dụng rộng rãi trên phạm vi toàn thế giới.